Za těchto pět systémů zaplatilo MD přes 1,2 miliardy korun. Podle kontrolorů ministerstvo nemá pro tvorbu svých informačních systémů dlouhodobou strategii a jeho koncepce je zpracovaná jen formálně. To byl také jeden z důvodů průtahů při vzniku nového Centrálního registru vozidel a dvou registrů, které měly být propojeny se systémy dalších zemí EU. Právě kvůli pozdnímu propojení registrů podala Evropská komise na Českou republiku dvě žaloby a v jednom případě jí stále hrozí postih. Kontrola odhalila také podezření na porušení rozpočtové kázně za více než 425 milionů korun.

Kontroloři prověřili i sedm veřejných zakázek za celkem 392 milionů korun. MD je zadalo v jednacím řízení bez uveřejnění (JŘBU), i když k tomu nemělo podle zákona důvod. Fakt, že ministerstvo tyto zakázky zadalo v JŘBU, mohl negativně ovlivnit výběr nejvhodnějšího dodavatele. MD také uzavřelo nevýhodnou smlouvu na rozvoj a poskytování IT služeb. Ministerstvo téměř dva roky platilo za služby každý měsíc paušální platbu, i když podle smlouvy měl dodavatel poskytnout služby až na vyžádání resortu. Ministerstvo tak za 21 měsíců zaplatilo přes 85 milionů korun, i když vyčerpalo služby jen za více než 52 milionů korun. Podle kontrolorů tak zaplatilo v letech 2010 až 2011 přes 33 milionů korun zbytečně.