Významné nesprávnosti, které zjistili kontroloři v účetní závěrce, se týkaly rozvahy, výkazu zisku a ztráty a přílohy účetní závěrky. V rozvaze MPSV nevykázalo zálohy poskytnuté formou dotace za téměř 7,2 miliardy korun. V příloze kontroloři vyčíslili nedostatky u některých podrozvahových účtů na 2 miliardy korun. V rozvaze a ve výkazu zisku a ztráty nevykázalo MPSV pohledávky a související skutečnosti z roku 2016 za 2,9 miliardy korun.

Některé významné nesprávnosti v účetní závěrce souvisely s tím, že MPSV napravilo jen část nedostatků, které zjistil NKÚ v předchozí kontrole. V letech 2017 a 2018 sice MPSV přijalo opatření, aby odstranilo nedostatky ve vedení účetnictví, ale ne zcela. Z celkem 22 opatření jich přijalo 14, u 7 byla opatření jen částečná a v jednom případě opatření nepřijalo.