Rozvoj a obnova jsou financovány z příslušného programu, jehož pomocí MŠMT rozděluje peníze na výstavbu, rekonstrukce či modernizace infrastruktury vysokých škol. Kontroloři prověřili, jakým způsobem MŠMT jakožto správce programu peníze rozdělovalo či jak vybrané vysoké školy postupovaly při obnově infrastruktury. NKÚ ke kontrole vybral vzorek šesti investičních akcí čtyř univerzit, a to s náklady, které v průběhu kontroly přesáhly 1,8 miliardy korun.

Pro veřejné vysoké školy bylo v letech 2011 až 2016 původně vyčleněno na výstavbu, rekonstrukce a modernizace infrastruktury 13,8 miliardy korun. V roce 2016, kdy měl být podle původního plánu program ukončen a všechny peníze rozděleny, bylo vyčerpáno jen přes pět a půl miliardy korun, což bylo zhruba 40 % z vyčleněných peněz. Vysoké školy totiž začaly peníze čerpat se zpožděním, šest z nich dokonce až v roce 2014. Častými důvody pozdějšího čerpání ze strany vysokých škol byly například posuny přípravy akcí, průtahy při zadávání veřejných zakázek nebo předkládání nekvalitně zpracovaných investičních záměrů. Na pomalé čerpání peněz MŠMT reagovalo tím, že posunulo termín dokončení programu na rok 2019.