K tomu ale podle zjištění kontrolorů nedošlo. Ministerstvo životního prostředí (MŽP) navíc nastavilo limit orientačních investičních nákladů příliš vysoko, což umožnilo výstavbu nadstandardně nákladných projektů.

NKÚ kontroloval systém přidělování dotací z OPŽP na vzorku 28 projektů. Návštěvnická střediska předpokládanou vzdělávací a osvětovou funkci plní. Jejich přínos k ochraně přírody je ale neprokazatelný. MŽP totiž nesleduje a nedostatečně vyhodnocuje plnění očekávaných přínosů staveb. Nepotvrdily se ani předpoklady MŽP, že dojde k pozitivním změnám v chování návštěvníků. V některých lokalitách dokonce počet přestupků v chráněných územích stoupá.

Problémy zjistil NKÚ už ve fázi výběru projektů k podpoře. Ačkoliv MŽP zavedlo systém bodového hodnocení, nenastavilo v něm jednoznačná kritéria tak, aby byla skutečně vypovídající. Kritéria byla nastavená pouze v obecné rovině, bez konkrétní specifikace. MŽP v hodnocení nezohlednilo atraktivnost, velikost ani návštěvnost zvláště chráněných území. Do hodnocení se nepromítla ani vzdálenost budoucích středisek od obdobných zařízení.