Zpoždění se týká i projektů transevropské dopravní sítě, což ohrožuje splnění cíle vyplývajícího z nařízení EU. Podle něj mají být tratě na hlavní transevropské síti zmodernizovány do roku 2030. Jedná se např. o tratě Brno – Přerov a Praha – Kladno s připojením na Letiště Václava Havla Praha. Jejich modernizace měla být zahájena do roku 2020. Ještě v lednu 2022, kdy končila kontrola NKÚ, se však projekty (s výjimkou rekonstrukce Negrelliho viaduktu) teprve připravovaly.

Modernizace tratě Brno – Přerov má být dokončena v roce 2031. Oproti původnímu plánu s šestiletým zpožděním. Dokončení tratě Praha – Kladno s připojením na Letiště Václava Havla Praha se posunulo o čtyři roky na rok 2029. Náklady na modernizaci dvou etap této tratě stanovila SŽ aktuálně na 42,7 mld. Kč, což je o 13,1 mld. Kč více* oproti původním předpokladům. Důvodem je mj. změna technického řešení ražených tunelů nebo vznik nových podchodů.

Také např. modernizace trati Otrokovice – Vizovice bude oproti předpokladům stát více. Z původně plánovaných 8 mld. Kč náklady poskočily na téměř 12 mld. Kč. Příčinou jsou zásadní změny v projektu. Jde například o změnu z částečného na kompletní zdvojkolejnění, zařazení tunelu či dvou rozsáhlých nadjezdů. Podobně i trať Kolín – Všetaty – Děčín čekají vyšší náklady, a to o 145 %. Z předpokládaných 26,3 mld. Kč vystoupají nakonec na 64,5 mld. Kč. Důvodem je změna koncepce projektu – úprava trakčního napájení, ztrojkolejnění jednoho úseku trati, navýšení přepravní kapacity aj.