Kromě toho NKÚ prověřil také to, zda postupovaly obě instituce při pořizování ICT koncepčně a strategicky. Kontrola ukázala, že jediný informační systém Státního zemědělského intervenčního fondu (IS SZIF) provázejí velmi vysoké náklady. Ty jsou do spojeny i se silnou závislostí SZIF na hlavním dodavateli systému. Dosud se SZIF z této závislosti, o které ví řadu let, nepodařilo vymanit.

SZIF hlavnímu dodavateli celkově zaplatil v letech 2016 až 2019 za aplikační podporu provozu a rozvoj IS SZIF téměř 2,1 miliardy korun, tedy přibližně půl miliardy korun ročně. Jde o částku, která násobně převyšuje výdaje na ostatní kontrolované informační systémy provozované Ministerstvem zemědělství. V případě IS SZIF byly tyto výdaje zhruba desetkrát vyšší, než jaké byly u LPIS, kde se roční náklady pohybovaly kolem 50 milionů korun, a pětkrát vyšší než v případě IZR. U tohoto systému se jednalo přibližně o 100 milionů korun ročně.

Na výrazných nákladech IS SZIF se podílely vysoké jednotkové ceny práce externích IT specialistů. SZIF platil za jeden den práce „specialisty SAP“ 27 733 korun. To je nejméně dvakrát více, než kolik za stejného specialistu platilo Ministerstvo zemědělství. Práce takového specialisty ministerstvo stála od 9 668 do 13 915 korun. Takto vysoké jednotkové ceny za práci na IS SZIF jsou konkrétním negativním projevem závislosti na jednom dodavateli.