Kontroloři zjistili v účetnictví MZV nesprávnosti v hodnotě 775 milionů korun. Na spolehlivost účetnictví MZV přitom měla dopad především jedna konkrétní nesprávnost v hodnotě 724 milionů korun. Ta spočívala v neprovedení snížení hodnoty vkladu do nadačního fondu.

MZV vykazovalo podíl na vkladu do nadačního fondu jako svůj dlouhodobý majetek. Nadační fond však v souladu se svým posláním generoval dlouhodobě ztráty z důvodu postupného poskytování prostředků zejména na konkrétní projekty. To mělo MZV promítnout do svého účetnictví a mělo účtovat o snížení hodnoty tohoto aktiva, a to již v předchozích účetních obdobích. MZV však o snížení hodnoty vkladu neúčtovalo, čímž nadhodnotilo výši dlouhodobého majetku o 724 milionů korun.