V těchto letech rozdělil resort jednotlivým příjemcům – zejména krajům, obcím, ale i dalším subjektům zřizujícím a provozujícím zdravotnická zařízení – 833 milionů korun v rámci 181 investičních akcí. Jednalo se o peníze určené především na zdravotnické přístroje, rozvoj nemovitostí, informační technologie, ale například i na vybavení záchranných služeb. Na řízení tohoto dotačního programu MZd v zásadě rezignovalo – 833 milionů jen přerozdělilo bez strategie nebo koncepce příjemcům, jejichž žádosti posuzovalo v drtivé většině případů jen formálně. Podobně formálně pak i kontrolovalo, jestli příjemci peníze skutečně použili na účel, pro který je získali.

Ministerstvo většinou jen administrativně zpracovávalo žádosti, místo aby se zabývalo hlavně tím, nakolik je předkládaný projekt pro regionální zdravotnictví nezbytný a přínosný, zda splňuje všechny náležitosti nebo jestli odpovídá záměrům ministerstva. Akce k podpoře ve skutečnosti ve většině případů vybíraly kraje, které přitom byly často samotnými žadateli o dotace.