V České republice je drobnokvět pobřežní kriticky ohroženým druhem. Počet lokalit s výskytem tohoto druhu v minulosti výrazně poklesl zejména v důsledku regulačních úprav řek.

„Drobnokvět je závislý především na přirozených změnách proudění vody v řece. Voda musí promývat štěrkopískové náplavy tak, aby se v nich neusazovaly bahnité sedimenty. Český dolní tok Labe je v podstatě posledním místem v Česku, kde se drobnokvět vyskytuje,“ říká Petr Bauer, ředitel odboru ochrany přírody Správy Národního parku České Švýcarsko.