Okres Prachatice v období 2007–2013 podal žádosti o podporu na projekty financované z Regionálního operačního programu Jihozápad v hodnotě 3,84 miliardy korun, dosud podepsané smlouvy o podmínkách poskytnutí dotace na projekty činí více než 944 milionů korun a proplaceno bylo více než 777 milionů korun.

V okrese Prachatice bylo prostřednictvím ROP Jihozápad podpořeno celkem 61 projektů, mezi které patří například městské divadlo v Prachaticích, které prošlo celkovou rekonstrukcí. Dominantou města Prachatice je kostel sv. Jakuba Většího, na jehož obnově se ROP Jihozápad podílel. Finanční podpora z Evropské unie však dala možnost vzniknout dalším projektům. Například ve školství došlo k vybavení učeben na ZŠ Lhenice a ZŠ Husinec. V oblasti cestovního ruchu vzniklo na území okresu i mnoho sportovně-rekreačních zařízení, z nichž jedno je Vimperku anebo další v Prachaticích a Husinci.