Největšími příjemci účelové podpory základního výzkumu byly v kontrolovaných letech veřejné výzkumné instituce a vysoké školy. Tento typ výzkumu má přinést především nové poznatky a není vázaný na bezprostřední využití v praxi. Podporu základního výzkumu agentura rozdělila do pěti oblastí, které podporovala rovnoměrně. Tato podpora se pohybovala mezi lety 2011 až 2015 od 18 % u společenských a humanitních věd po 23 % u věd o neživé přírodě.

Podle národních strategických dokumentů by měla podpora cílit i na ty oblasti základního výzkumu, které mohou zlepšit využití nových poznatků a ve výsledku tak přispět k růstu konkurenceschopnosti ČR. GAČR takto ale podporu nesměrovala. V ČR jsou oblasti základního a aplikovaného výzkumu striktně odděleny, a měl by se klást větší důraz na jejich provázanost.

Kontroloři také zjistili, že GAČR chybovala při veřejných soutěžích na výběr projektů. V rozporu se zákonem například měnila u některých soutěží podmínky pro uchazeče. V roce 2012 zveřejnila informaci o prodloužení soutěžní lhůty pouze na webových stránkách a navíc jen jeden den před skončením této lhůty. Podle kontrolorů tak uchazeči neměli rovné podmínky. K netransparentnosti soutěží přispělo například i to, že v roce 2014 předsednictvo GAČR vybralo jiné projekty, než které doporučila oborová hodnoticí komise složená i ze zahraničních expertů.

GAČR navíc nesledovala kvalitu výsledků ani u jednotlivých vědních oborů, ani celkově. Nemohla proto vyhodnotit, jaké dopady vyplacená podpora měla. V kvalitě základního výzkumu přitom ČR zaostává za evropským průměrem. Příliš úspěšná není ve srovnání s dalšími zeměmi EU ani v získávání grantů od Evropské výzkumné rady.