První část EU reportu 2016 informuje o současném programovém období, o jeho cílech pro naplnění strategie Evropa 2020 i o víceletém finančním rámci 2014 až 2020, a to včetně alokace zdrojů vymezených pro Českou republiku. Upozorňuje na rizika a dílčí problémy spojené se zahájením tohoto programového období, které se v porovnání s předchozím programovým obdobím 2007 až 2013 projevují ještě pomalejším rozběhem jednotlivých programů.

Druhou část EU reportu 2016 tvoří zpráva o finančním řízení prostředků EU v ČR v roce 2015. V ní NKÚ prezentuje údaje o hospodaření s prostředky rozpočtu EU, které získal od implementačních orgánů České republiky. Zpráva uvádí také oficiální data publikovaná Evropskou komisí a jejími útvary ve výročních zprávách a přehledech, což umožňuje srovnání České republiky s dalšími členskými státy EU.