S očkováním nemocnice začala 7. ledna, kdy obdržela prvních 180 dávek vakcíny proti covidu-19, určených zdravotníkům. V polovině ledna pak otevřela očkovací centrum pro veřejnost a vytvořila mobilní očkovací týmy, které zajišťovaly očkování seniorů zejména v domech s pečovatelskou službou. Celkově tak v lednu nemocnice podala vakcínu 818 lidem. Dodávky očkovacích látek však tehdy byly omezené.

Počet naočkovaných se postupně zvyšoval s tím, jak se zlepšovala dostupnost vakcín. V návaznosti na to se také rozšiřoval seznam prioritních skupin obyvatelstva. Od března do května nemocnice očkovala v průměru 2,5 tisíce lidí měsíčně. V červnu, kdy se uvolnil rezervační systém pro všechny skupiny obyvatel, přičemž Na Františku bylo možné očkovat osoby od 16 let, přišlo na první dávku 3 116 lidí, což bylo nejvíc od začátku očkování. Dalších 1 478 lidí si ve stejném měsíci přišlo pro dávku druhou.

Červenec byl ohledně očkování také silný měsíc, ale převážně pro druhé dávky. Těch nemocnice v prvním prázdninovém měsíci aplikovala 3 393, prvních dávek pak bylo 964. Poté se zájem o očkování postupně snižoval.