NKÚ ve svých závěrech pouze sečetlo nedočerpání v posledních dvou letech a krajní verzi odhadu nedočerpání pro letošní rok, kterou avizovalo MMR již v únoru letošního roku.  Nedočerpání v roce 2013 bylo 11 miliard, v roce 2014 pak 9 miliard a za rok 2015 by mohlo být v krajním případě až 85 miliard. Jednoduchým součtem se tak dostaneme na částku 105 miliard korun.

Tato informace tak není nová, jak by se ze zprávy NKÚ mohlo zdát, dokonce už je spíše zastaralá. „Při odhadech nedočerpání, je třeba vycházet z reálných dat, která pravidelně zveřejňuje MMR jakožto Národní orgán pro koordinaci v oblasti evropských fondů. Na konci července 2015 předložím vládě aktualizované komplexní informace o stavu čerpání, včetně přehodnocení rizikovosti operačních programů,“ uvedla ministryně Karla Šlechtová.
 
Ministerstvo pro místní rozvoj vede zesílené řízení rizik včetně individuálních krizových plánů a  poskytuje řídicím orgánům, maximální podporu pro úspěšné dočerpání evropských prostředků. Hlavním cílem však není za každou cenu vyčerpat veškerou alokaci, ale daleko důležitější je kvalita projektů, jejich přínos pro lidi a také přesah do dalších oblastí. MMR nicméně počítá s tím, že Česká republika využije podstatnou většinu prostředků poskytnutých na období 2007–2013.