V roce 2015 SZPI uskutečnila 43,483 kontrol, provedla 467,000 laboratorních analýz, zjistila 3,841 závadných šarží potravin a pravomocně uložila pokuty v celkové výši 141,304,500 korun. Inspekce disponuje přes 550 zaměstnanci, z nichž 15 působí jako experti v orgánech EU.

Úřad začal fungovat ve struktuře podobné dnešní schválením zákona o vzniku České zemědělské a potravinářské inspekce č 63/1986 Sb. V roce 1992 bylo rozhodnuto o přesunu ústředí úřadu do Brna a počet krajských inspektorátů se snížil na sedm, každý inspektorát měl v kompetenci dva kraje. Současný název Státní zemědělská a potravinářská inspekce úřad získal přijetím zákona o SZPI č. 146/2002 Sb.

Vznik vysoce specializovaných laboratoří v Praze a Brně v roce 2003 znamenal obrovský kvalitativní skok při identifikaci nebezpečných a falšovaných potravin. Pražská laboratoř se začala orientovat mj. na zjišťování přítomnosti pesticidů. Zatímco metody a vybavení z roku 1986 umožňovalo identifikovat 11 pesticidů výhradně v potravinách živočišného původu, současné špičkové vybavení obsluhované mezinárodně respektovanými odborníky dokáže zjistit přítomnost více než 500 pesticidů u potravin živočišného i rostlinného původu a to v koncentracích 100x nižších, než před třiceti lety.