Podle NKÚ Program IS IZS sice významně zlepšil komunikaci a koordinaci složek IZS, nicméně NIS IZS nesplnil minimálně pět ze třinácti dílčích cílů, které generální ředitelství HZS vytyčilo v projektové dokumentaci. Ministerstvo vnitra (MV) například podcenilo už přípravu projektu, když mylně předpokládalo, že v jeho rámci dokáže řídit a koordinovat i ZZS spravované kraji. To ovšem legislativa ministerstvu neumožňovala, což resort při přípravě projektu nezohlednil. V rámci projektu NIS IZS měly všechny složky IZS vzájemnou komunikaci převést na už vybudovanou integrovanou telekomunikační síť MV. Krajské ZZS se ke zmíněné síti nakonec – s ohledem na podporu z evropských prostředků – připojily. Ovšem s jednou výjimkou, kterou byla pražská ZZS, která se ke zmíněné síti nepřipojila. Operátoři záchranky v Praze tak museli i nadále všechny informace o zásazích předávat hasičům a policii telefonicky.

Garantem projektu NIS IZS bylo generální ředitelství HZS. To mohlo dodavatele systému vybrat v otevřené soutěži už v roce 2011, ale na požadavek Ministerstva vnitra zadalo tuto zakázku České poště, respektive jejímu Odštěpnému závodu ICT. Smlouvu s odštěpným závodem mohlo generální ředitelství HZS podepsat až v březnu 2013, projekt měl být přitom dokončen už koncem téhož roku. Odštěpný závod ICT navíc neměl ke splnění všech projektových úkolů dost zaměstnanců ani výpočetní techniky, musel vypsat některé zakázky, s nimiž původně nepočítal, a u některých zakázek se opozdil.