Modernizace trati Praha-Bubny (včetně) – Praha-Výstaviště (včetně) zahrnuje doplnění druhé koleje, elektrifikaci úseku, modernizaci železniční stanice Praha-Bubny a zřízení nové zastávky Praha-Výstaviště. 

Stanice Praha-Bubny se přemístí jižněji. Hned za Negrelliho viaduktem se bude nacházet společná stanice tratí do Kralup nad Vltavou a do Kladna se čtyřmi kolejemi a třemi nástupišti. Přístup na ně bude možný jak z jižní strany od stávajícího vestibulu stanice metra linky C Vltavská a ze zastávky tramvaje na Bubenském nábřeží, tak od severu z nového centrálního náměstí s druhým budoucím vestibulem stanice metra. Odbavovací prostory pro cestující budou umístěny v podchodech pod kolejemi. 

Kolejiště stanice a navazujících traťových úseků bude vyvýšeno nad okolní terén a vedeno po několika mostních estakádách, které překročí jak nové centrální náměstí, tak křižující ulice od Bubenské po třídu Dukelských hrdinů. Prostor pod estakádami zlepší prostupnost území, ale může být také využit k obchodním účelům.