Ke kontrole, která se vztahovala na roky 2007 až 2014, si vybral tři projekty za téměř 1,7 miliardy korun:

• "Stáže ve firmách - vzdělávání praxí",
• "Rozvoj a implementace Národní soustavy kvalifikací",
• "Klíče pro život - Rozvoj klíčových kompetencí v zájmovém a neformálním vzdělávání".

Kontroloři prověřili roli Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) a Ministerstva práce a sociálních věcí (MPSV) jakožto poskytovatelů dotací a také instituce, které v projektech figurovaly jako partneři, případně příjemci dotací.

MŠMT při vlastních kontrolách projektů neodhalilo, že příjemci dotací chybovali při zadávání veřejných zakázek nebo například zaplatili z dotací i výdaje, na které podpora nebyla určena. Takových nezpůsobilých výdajů kontroloři NKÚ odhalili za téměř 19 milionů korun. Například u projektu "Stáže ve firmách" neudělalo MŠMT ani jednu kontrolu na místě, i když jde o druhý nejnákladnější projekt dotovaný z operačního programu "Vzdělávání pro konkurenceschopnost".