Navzdory hlasům, co se již ozývají v mediálním prostoru, nutno zdůraznit, že kapitola plánu obnovy věnující se kontrole a auditu není vázána na konkrétní osobu, či případ. Jedná se o horizontální, průřezové nastavení požadavků na systém implementace, kontroly a auditu, který však nijak nevybočuje z existujícího právního rámce.

Plán obnovy je založen na dosahování výsledků. Obsahuje proto řadu milníků a cílů pro všechny oblasti plánu, včetně těch směřujících na průběh implementace a kontroly provádění plánu. V tomto směru není nikterak výjimečný, jedná se o požadavky, které jsou vlastní konstrukci plánů obnovy.

To však neznamená, že do schválení těchto milníků a cílů projekty stojí – naopak, systém je založen na předfinancování státním rozpočtem a následné refundaci po dosažení relevantních cílů. Tyto milníky a cíle se vztahují ke každé kapitole obsažené v NPO, jsou základním stavebním kamenem plánů všech členských států a právě jejich konstrukci byl věnován značný čas při výstavbě NPO.