Během druhé světové války byl totálně nasazen, v roce 1942 z pracovního tábora utekl, ale byl zatčen a znovu poslán na nucené práce.

Po válce vystudoval Přírodovědeckou fakultu Masarykovy univerzity v Brně, poté pracoval jako asistent na lékařské fakultě v Olomouci. Po roce 1948 se Čapka zapojil do protikomunistického odboje. Byl zatčen a v roce 1952 odsouzen pro zločiny velezrady a vyzvědačství k 11 letům žaláře. Prošel sedmi vězeními a čtyřmi pracovními tábory. Svobodu mu po 9 letech přinesla amnestie.