Vondra připomíná, že levici byl Ústav trnem v oku vždycky. Již po jeho vzniku si stěžovali u Ústavního soudu, který jejich žalobu odmítl, ale ještě v soudní místnosti prý poslanec ČSSD Zdeněk Jičínský, který stěžovatele zastupoval, pronesl, že „hora porodila myš“ a že se zákon změní, jakmile k tomu levice dostane příležitost.

Následovaly další kontroverzní události- již po necelém roce činnosti výzkumníci šlápli na kuří oko mnohým, když zveřejnili příběh agenta- chodce, který se dostal do vězení po udání od spisovatele Milana Kundery. Následovaly podobně výbušné objevy o odbojové skupině bratří Mašínů a o počátcích Občanského fóra. Následovalo období bouřlivých sporů, kterým padl za oběť první ředitel Ústavu Pavel Žáček a situace se uklidnila až po volbě Daniela Hermana, bývalého mluvčího České biskupské konference.

V zimě však levicový Senát začal úřadovat a do Rady Ústavu zvolil čtyři nové členy- historičku z Národního archivu (který dlouhodobě s protitotalitním Ústavem soupeří), dlouholetého poradce různých politiků ČSSD Lukáše Jelínka, dále Michala Uhla, člena týmu místopředsedy ČSSD a hlasitého kritika Ústavu Jiřího Dienstbiera a politologa Jana Bureše, který je městským zastupitelem za ČSSD a zástupcem jejího levého křídla. Do čela Rady pak byla zvolena Petruška Šustrová, která se významně angažovala již při sesazení Pavla Žáčka.