Původně jej vedl bývalý náměstek ministra zdravotnictví Roman Prymula, po dvou týdnech byl do jeho čela ustanoven Hamáček. Štáb v době nouzového stavu odpovídal mimo jiné za centrální nákup ochranných pomůcek, dával také doporučení vládě.

Poté, co Hamáček vedení převzal, bylo ve štábu ustanoveno několik pracovních skupin, které se zabývaly jednotlivými odbornými problémy. Vznikly týmy pro distribuci ochranných prostředků, pro jejich nákupy, mediální a zdravotní skupiny a skupina, která řešila dopady vládních omezení. Přibyl také ekonomický poradní tým.