Čerpání evropských fondů na podporu konkurenceschopnosti pro ministerstvo školství je ohroženo. Podle náměstka ministerstva školství Michala Zaorálka však dochází k nápravě. Systém čerpání fondů byl podle obhájců úřadu ministra Dobeše problematicky nastaven už od roku 2008. Náměstek ministra školství Michal Zaorálek, který má čerpání evropských peněz na starosti, navíc říká, že dříve než po odhalení problémů evropskou komisí chyby v systému napravit nešlo.

Ke kritice ministerstva školství se kromě opozice připojil i bývalý šéf strukturálních fondů na ministerstvu školství a současný předseda jihomoravské TOP 09 Jan Vitula. Tedy muž, který měl na ministerstvu školství na starosti čerpání evropských peněz před Dobešovým příchodem. Jan Vitula tvrdí, že ministerstvo školství udělalo v původně dobře nastaveném systému za současné Dobešovy éry chaos. Zaorálek oponuje – za doby Jana Vituly bylo schváleno projektů 400. Dnes jich je schváleno 5000.