Zeman má s vysokými školami napjaté vztahy. Na jaře 2015 odmítl podepsat jmenovací dekrety tří navržených kandidátů – Ivana Ošťádala a Jiřího Fajta z Univerzity Karlovy a Jana Eichlera z Vysoké školy ekonomické. Prezident odmítnutí zdůvodnil prohřešky kandidátů z minulosti. Všichni dotčení se proti jednání hlavy státu bránili žalobou. Eichler ji později stáhl. Nejvyšší správní soud na konci dubna Zemanovo rozhodnutí o nejmenování pravomocně zrušil, bude se ale zabývat ještě kasační stížností, kterou prezident proti rozsudku podal.

Od začátku kauzy se k Zemanovi dostalo několik seznamů kandidátů na profesorský titul, které schválila vláda. Nikoho dalšího neodmítl. Jmenovací dekrety po dohodě se Zemanem pravidelně předává ministr školství, i když to v minulosti někdy dělal prezident.