Ministr kultury Antonín Staněk (ČSSD) odvolal Fajta z vedení Národní galerie 18. dubna s okamžitou platností. Důvodem mělo být hlavně pochybení v hospodářské činnosti galerie a zejména milionová autorská smlouva, kterou galerie Fajtovi vyplatila za jeho kurátorské práce na výstavách a expozicích.

Fajt považuje výsledky za nepravdivé a tendenční a hodlá se domoci omluvy Ministerstva kultury. „Nálezy kontrolního protokolu rozhodně nemají takovou váhu, aby ministr na jejich základě s okamžitou účinností musel odvolat ředitele úspěšné národní kulturní instituce,“ uvedl Fajt. „Kontrolní protokol nepřinesl žádné vážné a obhajitelné důkazy pro obvinění mojí osoby a pro občanskou a profesní likvidaci, jak ji provedl ministr kultury,“ doplnil s tím, že všechny kroky se dají manažersky snadno obhájit.

Výsledky kontroly kromě Fajta zpochybňuje také bývalý ředitel ekonomicko-provozní sekce galerie Vladimír Mallát, který dokonce hovoří o účelovosti protokolu. „Protokol hlavně svědčí, minimálně u příkazních smluv, o jeho účelovosti. Kontrola byla prováděna na daleko větším vzorku smluv a faktur, ale vybrány byly jen ty případy, které se hodily,“ kritizuje protokol Mallát, který se své funkce vlivem událostí 13. května vzdal.