Nástup varianty koronaviru označované jako omikron vyžaduje důkladnou diskusi o vakcínách. Hlavním rysem omikronu totiž jsou podstatné změny ve struktuře proteinu S, proti kterému jsou současné, provizorně povolené vakcíny zaměřeny. Americký úřad pro kontrolu infekčních onemocnění ve svém stanovisku k nové variantě uvádí, že na základě rozsahu mutací a jejich umístění v části kódující S protein se předpokládá, že dojde k významnému snížení neutralizující aktivity séra očkovaných nebo předtím infikovaných jedinců, což může znamenat sníženou ochranu před infekcí. Jinými slovy – vyvstává otázka, zda jsou současné vakcíny proti omikronu účinné.

U klasických vakcín by nástup nové varianty takový problém být nemusel. Klasické vakcíny využívají celé viry (usmrcené nebo pozměněné), v každém případě takové vakcíny vyvolávají reakci imunitního systému na všechny podstatné části viru, jichž má koronavirus 27. Virus tak nemá mnoho možností, jak mutacemi před očkováním uniknout – mutace v jedné části mu nepomohou a zmutovat najednou na všech imunitou kontrolovaných místech je silně nepravděpodobné. Dnešní, tzv. genové vakcíny, nesou genetickou informaci pouze pro jedinou malou část koronaviru, takže pokud se virus v tomto místě změní, může jim uniknout. A viry se pod selekčním tlakem umí měnit velmi rychle a velmi rozsáhle.