Kupodivu se i přes to stal v 90. letech nejprve náměstkem pražského vrchního státního zástupce a na dva roky dokonce šéfem instituce. Než ho odvolal nespokojený ministr spravedlnosti Jan Kalvoda. Ve druhé polovině následující dekády ovšem už zase na pražském vrchním zastupitelství Grygárek náměstkoval. Proti čemuž byl tehdejší ombudsman Otakar Motejl, dříve také resortní ministr. A někdejší nevyšší státní zástupkyně Marie Benešová Grygárka zahrnula do skupiny osob, které označila jako členy „justiční mafie“, což se stalo předmětem široce sledovaného soudního rokování.  

Když pak vloni na pár měsíců musel opustit křeslo šéfa pražských zástupců Vlastimil Rampula, jeho dočasný zástupce Stanislav Mečl nechal do Grygárkovy kanceláře – s nutným povolením k tomu v ruce – nainstalovat policejní techniku. Což ještě Rampula před svým definitivním pádem stihl bezprecedentně ukazovat z videozáznamu na tiskové konferenci a vyzradit tak utajený postup vyšetřovatelů.  

Tehdy už musel Grygárek cítit nepříjemný zájem o jeho činnost. Neboť se ocitl v podezření, že jde na cele ruku „politickým podnikatelům“ typu Rittiga, Hrdličky a Janouška. Posledně jmenovanému zvlášť, neboť roku 2010 odpálkoval švýcarský dotaz na to, jestli přechodně zablokované zhruba dvě miliardy korun na tamním Janouškově kontě nepocházejí z trestné činnosti. Ale právě to jej nyní- jak se aspoň zdá – dohání. Neboť olomoucké vrchní státní zastupitelství se domnívá, že v kauze Janouškova účtu Grygárek nečinností zneužil svou pravomoc. Vyšetřovatelé k tomu zřejmě získali důkazy během známého červnového zátahu, kdy v síti protikorupční policie uvízla šéfová premiérovy kanceláře Jana Nagyová, nyní Nečasová. A nejde zřejmě jen o Janouška, státní zastupitelé podezírají z praní špinavých peněz i další osoby, kterým měl Grygárek lidově řečeno „krýt záda“. A celkem dlouhou dobu úspěšně. Co vše se jemu a dost možná i Rampulovi dařilo, dařilo, se teprve uvidí. Nezapomínejme například na tunel v Mostecké uhelné. Ale ani na to, že účelově „nekonajících“ státních úředníků mohlo být povícero.  


Půl roku od pro někoho až spektakulárního policejního vpádu na úřad vlády, ale i do kanceláří Grygárka, Rittiga, Janouška nebo jejich advokátů se toho příliš nestalo. Zvlášť vzhledem k tomu, že zásah vedl k pádu vlády, předčasným volbám a všemu dalšímu, veřejnost čekala cosi víc, než obvinění vojenských zpravodajců, ochotných sledovat za státní útraty manželku předsedy vlády na přání jeho milenky, a od počátku poněkud sporné nařčení tří „trafikantů“ z ODS, které nakonec se zarážející argumentací smetl Nejvyšší soud. Šéf olomouckých zástupců Ivo Ištvan nyní říká, že jeho tým otevírá „třetí větev“ širokého zásahu, tedy činnost lidí podvodně bohatnoucích z veřejných prostředků. Žalobci si s tím dali na čas, předpokládejme ale, že rychleji to nešlo. A doufejme tudíž, že jde o solidně podepřenou práci.