Ministerstvo zdravotnictví zdůrazňuje, že uvedené nedostatky mají především charakter formálních pochybení. „V žádném případě nemají dopad na transparentnost přidělování a efektivitu čerpání těchto prostředků,“ říká Ferdinand Polák, náměstek pro zdravotní péči. Ministerstvo postupovalo dle Zásad vlády pro poskytování dotací ze státního rozpočtu České republiky nestátním neziskovým organizacím ústředními orgány státní správy č. 92 ze dne 15. února 2010. Na základě těchto podmínek přidělování dotací upravilo s ohledem na plánování státního rozpočtu ve vyhlášených podmínkách dotačních programů.

Dodržování termínů uvolňování dotací není problémem jenom Ministerstva zdravotnictví ČR, ale všech ministerstev, která pracují s dotacemi pro nestátní neziskové organizace. Procesu výběru vhodných projektů a následnému uvolnění dotací musí vždy předcházet schválení státního rozpočtu (tedy definování objemu prostředků pro tyto dotační programy). „Tento termín determinuje i další postupné kroky jednotlivých ministerstev. Případné další „zdržení“ při poskytování dotací bylo způsobeno tím, že žadatelé v termínech nesplnili podmínky pro poskytnutí dotace,“ dodává náměstek Polák.

Ministerstvo zdravotnictví konstatuje, že i následná kontrola je prováděna dostatečné v míře odpovídající kapacitám věcně příslušných odborů MZ ČR a objemu přidělovaných dotací.

Ministerstvo zdravotnictví