Historie výzkumného a šlechtitelského ústavu ovocnářského sahá až do roku 1951, kdy v rámci reorganizace Ovocnicko–vinařského ústavu v Praze a Zahradnických ústavů v Průhonicích byla jednotlivá zahradnická odvětví v bývalém Československu rozdělena do samostatných ústavů. Při svém vzniku měl ústav 16 ovocnářských stanic a pracovišť po celé republice, jejichž činnost řídilo ministerstvo zemědělství. V roce 1956 přešel ústav pod přímé vedení Československé akademie zemědělských věd a v roce 1977 byl přičleněn jako samostatná hospodářská organizace k VHJ Sempra Praha. Od 1. 8.1992 se stal Výzkumný a šlechtitelský ústav ovocnářský v Holovousích součástí společnosti SEMPRA Praha a.s., přičemž byla zrušena jeho přímá vazba na ostatní šlechtitelské stanice.

Současná právní forma a vlastnická struktura výzkumného ústavu ovocnářského se začala psát 1. 7. 1997, kdy byla založena obchodní společnost VÝZKUMNÝ A ŠLECHTITELSKÝ ÚSTAV OVOCNÁŘSKÝ HOLOVOUSY s.r.o.