Nejstarší zpráva o varhanách je z roku 1742. Ty současné jsou datovány rokem 1893 a jsou nedílnou součástí kostela, který je zapsán v Ústředním seznamu kulturních památek České republiky. Dlouhodobá neúdržba nástroje způsobila po technické stránce jejich havarijní stav. Restaurování probíhá už třetím rokem. Město Prostějov poskytne na jejich obnovu 200 tisíc korun.

„Varhany prošly odbornou prohlídkou, potvrzen byl nejen jejich špatný stav, ale i poškození dřeva červotočem, který se masivně rozšířil. Samostatným problémem jsou pak značně nešťastné neodborné zásahy do varhan. Předmětem restaurování je původní hmotové a materiálové řešení varhan, veškeré původní historické konstrukce, původní plastické členění včetně všech uměleckořemeslných prvků,“ nastínil náměstek primátorky Jiří Pospíšil s tím, že komplexní restaurování v budoucnu umožní pořádání varhanních koncertů špičkové úrovně pro širokou veřejnost. Město Prostějov jiným nástrojem takových kvalit samo nedisponuje.