Nachází se v místech původní nádražní budovy z roku 1869 zničené při bombardování na konci druhé světové války. Slučoval v sobě funkce provozně-administrativní, veřejné i ubytovací. 

Jednotlivé části byly propojeny. Od západu je umístěna třípodlažní část restaurační a hotelová. Ve středu dominuje vysoká odbavovací hala, na kterou navazuje zleva administrativně - provozní část. V exteriéru je propojení vyjádřeno železobetonovým přístřeškem na sloupech, který uzavírá ozeleněné atrium. Původně byl projektován podúrovňový přístup k nástupištím, k realizaci však nedošlo. Komplex je výtvarně dotvořen monumentální plastikou umístěnou v levé části průčelní nádražní haly od akademického sochaře Vladimíra Navrátila.

Autor projektu Ing. arch. Jaroslav Votruba z Prahy našel inspiraci také u protilehlých Neherových domů ak. arch. Antonína Navrátila v Janáčkově ulici. Dokladem toho je cihlově červený lícový obklad stavby.

Z technického hlediska se jedná o monolitickou železobetonovou, částečně prosklenou konstrukci. Původně byl vypracováním projektu ředitelstvím drah v Brně pověřen Ing. arch. Žalman. Předložil tři alternativy. Protože se však město při jejich posuzování neshodlo s Ministerstvem dopravy, navrhl Městský národní výbor jako projektanta ak. architekta Antonína Navrátila. Ten však odmítl ze zdravotních důvodů. Město potom navrhlo pověřit vypracováním plánů prof. Ing. arch. Bohuslava Fuchse. Ministerstvo však na tento návrh nereagovalo a zadalo projekt bez předběžného schválení Městským národním výborem Ing. arch. Otrubovi.

Současně se měl řešit také přednádražní prostor. Návrh vypracoval prof. dr. Ing. arch. Adolf Liebscher. S tím opět ministerstvo nesouhlasilo. Koncem roku 1947 nakonec přece jen došlo k dohodě (přispěla k tomu také účast architektů Kumpošta a Liebschera na jednáních). Přednádražní prostor ale nebyl dořešen v podstatě dodnes.

Součástí projektu byly také dva obytné domy pro zaměstnance drah (realizovány v roce 1956, Janáčkova 6, 8). Rozšířena byla také budova pošty (Janáčkova ulice 4).

Na začátku tisíciletí prošel objekt výraznou modernizací. V odbavovací hale vzniklo nové zázemí pro zaměstnance a cestující, čekárna a informační služby.

Správa železnic připravuje na období let 2025 – 2026 komplexní rekonstrukci hlavního nádraží v Prostějově Její součástí budou nová nástupiště s mimoúrovňovým a bezbariérovým přístupem a výstavba podjezdu ve Vrahovické ulici.