Úřad Regionální rady regionu soudržnosti Severozápad vydal v dubnu 2015 platební výměr, kterým uložil městu Ústí nad Labem zaplatit částku ve výši 290.007.795 Kč z titulu údajných závažných pochybení ve věci rekonstrukce muzea. Město prostřednictvím svého právně ekonomického oddělení podalo v květnu 2015 odvolání, které bylo v červnu ještě doplněno. „Důvody sankcí jsem jako právník města považoval za nepřijatelné, proto jsme se s primátorkou města dohodli, že boj proti nesmyslným argumentům nevzdáme a město bránit budeme,“ informoval o postupu Mgr. Miloš Studenovský, vedoucí právního odboru. Doplněno tak bylo odvolání o některé instituty, které právníci považovali za klíčové.