Jeho nemocnice se nachází ve městě  Bukavu na východě Demokratické republiky Kongo a od svého vzniku jí prošlo více než 18 tisíc pacientek. Jako lékař se stal světově uznávaným expertem na léčbu vnitřních zranění způsobených skupinovým znásilněním. Své znalosti z této oblasti předává dále jako pedagog.

Mukwege je také známý kritikou konžské vlády i vlád ostatních zemí, které používají násilí na ženách a jejich znásilňování jako válečnou strategii. V roce 2012 se právě kvůli této kritice stal obětí útoku na svoji osobu a dva následující roky žil v exilu.

"Denisi Mukwegemu ocenění ze srdce přeji, jeho činnost na poli lidských práv a pomoci potřebným je nezpochybnitelná. Musím se ale přiznat, že mým favoritem na Sacharovovu cenu byl ukrajinský Euromaidan, jehož nominaci jsem i osobně podpořil. Jsem přesvědčen, že udělení ceny Euromaidanu by symbolicky podpořilo a povzbudilo Ukrajince v jejich těžké situaci a posílilo jejich morálku v jejich boji proti ruské agresi a v tomto smyslu by mělo bezprostřední pozitivní dopad na dění v těsné blízkosti EU. Nejednota poslanců parlamentních frakcí včetně té mojí lidovecké bohužel šance Euromaidanu na získání Sacharovovy ceny pohřbila," komentuje situaci okolo udělování Sacharovovy ceny europoslanec Jaromír Štětina (TOPO9/STAN), člen výboru pro zahraniční věci.