Během existence první vlády Andreje Babiše bez důvěry došlo k bezprecedentním změnám na vedoucích pozicích bezpečnostních sborů. Nejprve byl k 70. výročí komunistického puče nevybíravým způsobem zbaven funkce plukovník Michal Murín, ředitel Generální inspekce bezpečnostních sborů (GIBS), instituce s dosahem na řadu policejních útvarů mj. vyšetřujících premiérovy kriminální kauzy.

Jako druhý opustil funkci šéf krajského policejního ředitelství v Praze brigádní generál Miloš Trojánek, nadřízený a obránce vyšetřovatele Čapího hnízda. Za mimořádné pozornosti médií premiérova svěřeneckého fondu byl postaven mimo službu brigádní generál Jiří Šašek, ředitel Úřadu pro zahraniční styky a informace, důležité součásti bezpečnostního a zpravodajského aparátu České republiky.

Následně vláda bez důvěry rozhodla o vyslání policejního prezidenta generálmajora Tomáše Tuhého jako velvyslance na Slovensko, údajně ‚až po vypršení mandátu‘, spíše však po jeho odvolání při očekávaném přehlasování zástupců sociální demokracie v nové vládě.