Střední nádrž vodního díla Nové Mlýny je přírodní rezervací v rámci soustavy Natura 2000, která chrání ty nejvzácnější a nejohroženější druhy živočichů, rostlin a přírodních stanovišť v Evropě. Zvýšení hladiny by mělo za následek zaplavení ostrovů s hnízdními koloniemi a likvidaci vzácných biotopů a mokřadů. Pro zmírnění negativních dopadů by bylo nutné velmi nákladně zvyšovat stávající ostrovy či budovat nové, stejně jako budovat rozsáhlé nové laguny.

V boji proti suchu pomůže zvýšení hladiny jen minimálně. Závlahové systémy v okolí nádrží jsou většinou zničené nebo nikdy neexistovaly. Aby tedy Nové Mlýny mohly plnit tuto funkci, vyžadovalo by si to další drastické a drahé zásahy.