Významným způsobem může poškodit spravování tohoto programu za stovky miliard korun a způsobit nevratné škody jak České republice, tak zúčastněným vědeckým institucím.

Pokud vzniknou problémy s výší veřejné podpory v souvislosti s realizací těchto projektů, s harmonogramem realizace projektu evropské výzkumné infrastruktury ELI nebo výzvy, které by se mohly účastnit i pražské vědecké instituce, hrozí neodvratné škody jak z hlediska nečerpání evropských fondů, tak neuznatelnosti podstatných výdajů v budoucnu, které půjdou k tíži státního rozpočtu ČR i rozpočtu špičkových výzkumných institucí.