Významným způsobem může poškodit spravování tohoto programu za stovky miliard korun a způsobit nevratné škody jak České republice, tak zúčastněným vědeckým institucím.

Pokud vzniknou problémy s výší veřejné podpory v souvislosti s realizací těchto projektů, s harmonogramem realizace projektu evropské výzkumné infrastruktury ELI nebo výzvy, které by se mohly účastnit i pražské vědecké instituce, hrozí neodvratné škody jak z hlediska nečerpání evropských fondů, tak neuznatelnosti podstatných výdajů v budoucnu, které půjdou k tíži státního rozpočtu ČR i rozpočtu špičkových výzkumných institucí.

Zjevně klamavé důvody Křížova odvolání mohou zastírat chybné kroky ministra v demisi a bez důvěry Dalibora Štyse nebo jeho náměstka za ODS Michala Zaorálka, za které již byli kritizováni Českou konferencí rektorů. MŠMT by mělo tyto kroky srozumitelně a plně transparentně vysvětlit a i v dané situaci mezivládí se z nich neprodleně zodpovědět včetně personálních důsledků.