Dle samotných pacientů i z posledních dat analýzy výsledků protonové léčby se prokázalo, že 95% z nich netrpí komplikacemi, které tak často trápí pacienty, kteří jsou nuceni podstoupit fotonovou léčbu tedy klasické ozařování. Jelikož jsou protony přesné a tedy nezasáhnou zdravé orgány nemocného, jsou zachovány i erektilní funkce. Hlavní lékař Protonového centra MUDr. Kubeš k tomu dodává: „ Po protonové léčbě je 97% nemocných bez změny sexuálních funkcí. Po fotonové léčbě, ať už IMRT či brachyterapii, postihuje erektilní dysfunkce, tedy impotence až 40% nemocných.“  Při běžné léčbě 30% pacientů pociťuje výrazné pálení a bolesti při močení, zeslabení močového proudu, časté nucení na stolici, případně i průjem a bolesti břicha. Protonová léčba však tyto komplikace snižuje na minimum.

Rakovinou prostaty onemocní každý rok až 9 tisíc českých mužů. Z pohledu čísel je pro muže druhou největší onkologickou hrozbou. Riziko roste s věkem, ale nevyhýbá se ani mladším mužům, kde je nádor zase agresivnější a tedy i nebezpečnější. Protonová terapie přinesla nové možnosti do léčby rakoviny prostaty a slaví úspěchy v ČR i po celém světě. Dosud požívané metody – zejména běžné ozařování či operace – znamenají i určitá rizika a nežádoucí vedlejší účinky. Ty právě protonová terapie zcela eliminuje nebo snižuje na minimum. Dokonale přesný paprsek je šetrný ke zdravé tkáni. Ve srovnání s běžnou léčbou je šance na zachování potence velmi vysoká, snižuje se riziko poškození močového měchýře a tenkého střeva a s tím spojené riziko inkontinence. Hlavní fyzik protonového centra Mgr. Vladimír Vondráček potvrzuje: „Protonová terapie léčby rakoviny prostaty je nejefektivnější ozařovací metodou“.