EET se nebude týkat hlavních činností neziskových organizací, pokud v hlavní činnosti nepodnikají. Pokud se však neziskovka věnuje také činnostem vedlejším, které mají charakter podnikání, a pokud přitom objem podnikatelských činností v součtu, bez ohledu na způsob platby či druh činnosti, překročí stanovený roční limit 175 000 Kč nebo 5 % z celkového obratu, budou muset vést EET jako všichni ostatní poplatníci. Právě rozlišování a vykazování hlavních a vedlejších činností je však v neziskovkách složitý a v mnoha ohledech stále nedořešený problém.

Trochu zjednodušeně řečeno platí, že podnikání je soustavná činnost, ve které poplatník plánuje dosažení zisku. V praxi neziskových organizací však existuje řada případů, kdy uplatnění tohoto pravidla není jednoznačné. „Existují případy, kdy se neziskovky budou muset rozhodnout, které aktivity budou vykazovat v rámci hlavní činnosti, a které jako podnikání. Přitom by měly mít dostatečně silné argumenty a být připraveny si svůj přístup v případě kontroly obhájit,“ uvedla k tomuto témata ředitelka AVPO ČR Monika Jindrová.