Na dvoře vozovny Kobylisy bylo v době zahájení provozu položeno celkem 1 245 m kolejí (včetně 195 metrů dlouhé nákladní koleje na severní straně haly) a 25 výhybek. V hale bylo dalších 2 293 m kolejí. Byla zde i kruhová smyčka, na níž obracely vlaky pravidelné linky č. 3. Teprve v roce 1967 se konečná odstěhovala na novou smyčku na protější straně ulice.

Hala vozovny je rozdělena na čtyři lodě po pěti kolejích. Kolejiště vozovny se během let dlouho prakticky neměnilo. Jen v roce 1970 byla manipulační kolej částečně přeložena, prodloužena kolem haly a zapojena i na jižní straně do kolejového dvora, čímž vznikla objízdná kolej. Samotné kolejiště bylo zcela přestavěno v roce 2009. V letech 2016–2017 byly rekonstruovány koleje a jejich podpěry (kozlíky).