NKÚ upozorňuje na to, že ačkoliv se výběr daní zlepšil, narůstají daňovým subjektům povinnosti, administrativní náročnost se zvyšuje také u správy daní a s ní rostou i náklady na tuto správu. Daňová struktura v ČR je navíc stále složitá. Problémem je i silná závislost příjmů státu na ekonomickém růstu a velké daňové zatížení práce.

Mezi lety 2014 až 2017 vzrostlo inkaso daní včetně cla a pojistného o 22 %. V roce 2017 šlo o 1 428,3 miliardy korun. Příčinou vyššího inkasa daní je zejména silný ekonomický růst, růst mezd a s tím související i vyšší spotřeba obyvatelstva. Nejvíc se tak zvýšilo inkaso u daní ze spotřeby a u daní z příjmů. Do budoucna je ale závislost příjmů státního rozpočtu na ekonomickém růstu a na plné zaměstnanosti problémem pro jeho udržitelnost. Vysokou úroveň zdanění práce, která je v ČR 43,4 % a převyšuje průměr EU, kritizují i orgány EU. Doporučily přesunout daňovou zátěž například na daně z nemovitostí nebo ekologické daně, které budou méně omezovat růst.

Menší vliv na zvýšení příjmů z daní měly zavedení kontrolního hlášení či EET, konkrétní přínos však zatím nebyl přesně vyčíslen. Tato opatření měla pozitivní dopad na dodržování předpisů a na plnění daňových povinností. Výpadek z příjmů z DPH se snížil z 20 % v roce 2012 na 14 % v roce 2016. Zároveň ale tato opatření zvýšila administrativní zátěž poplatníků, která je vysoká. Plnění daňových povinností trvalo poplatníkům v ČR v roce 2017 celých 230 hodin, průměr EU a Evropského sdružení volného obchodu je přitom 161 hodin . Růst administrativní náročnosti spojené s daňovými povinnostmi v ČR kritizují i mezinárodní instituce jako Evropská komise nebo OECD.