Informační systém Ministerstva životního prostředí nesplňuje parametry evropského statistického systému a jeho výsledky se proti oficiální statistice výrazně liší.  Ministerstvo v posledních měsících vyvíjelo na ČSÚ nátlak, aby přebíral jejich data a zasílal je do Eurostatu.

Na rozdíl od ostatních států EU existují v České republice dvoje data o vzniku a nakládání s odpady. Jsou to jednak oficiální data publikována ČSÚ, jednak data z informačního systému odpadového hospodářství Ministerstva životního prostředí (MŽP). Tato data se výrazně liší, především v oblasti produkce komunálních odpadů.