Hlavním úkolem ČSKN je rozvoj klinické neurofyziologie v ČR, zajišťování specializovaného vzdělávání v tomto oboru (funkční odbornosti) a současně poskytnutí široké platformy pro výzkum funkce lidského nervového systému.

Klinická neurofyziologie je lékařská specializace, která studuje centrální a periferní nervový systém prostřednictvím snímání jeho elektrické aktivity, ať již spontánní či stimulované. Nověji se do této oblasti řadí i využívání moderních neurozobrazovacích vyšetření ve smyslu mapování funkcí lidského mozku. Klinická neurofyziologie pokrývá širokou oblast od translačního a aplikovaného výzkumu až k diagnostice neurologických a neuropsychiatrických onemocnění u konkrétních pacientů. V České republice je klinická neurofyziologie nadstavbou oboru neurologie, s nímž velmi úzce spolupracuje.

V řadě evropských zemí se jedná o samostatnou specializaci.