S FNUSA se táhne historická podfinancovanost zdravotní péče, která vyplývá z toho, že nemocnice se od 90. let vydala cestou rozvoje ambulantního sektoru. Tato cesta přirozeně a logicky vyplynula z geografického umístění FNUSA v centru města, kdy ambulance měly být pro pacienty z celého Brna snadno dostupné a lůžková péče měla být soustředěna na okraji Brna ve FN Brno, se snadnou návazností na dálnici.  Při technickém dělení ambulantního a hospitalizačního sektoru docházelo neustále k administrativnímu snižování výnosů nemocnice. Další příčinou je historicky nízká základní sazba, jejíž výše vychází z historicky (2006) daných úhrad tzv. nastavení historických paušálů, které byly tvořeny mimo jiné i v době výkonového systému. FNUSA a některé brněnské nemocnice byly přinuceny vykazovat ceny materiálu v cenách pořízení a tuto skutečnost dokladovat pořizovacími fakturami. Převážná většina nemocnic v té době vykazovala v cenách Max, které byly výrazně vyšší, než ceny pořízení. Tato historická skutečnost se následně promítala do paušálů a následně i do základní sazby a má trvalé dopady až do dnešní doby. Dalším zásahem do hospodaření nemocnice byla centralizace onkologické péče v Brně, kdy byly z FNUSA delimitovány (tedy bez náhrady) lineární urychlovače, čímž FNUSA ročně přišla o signifikantní zisk.

„Za poslední 4 roky přijalo vedení nemocnice velmi nepopulární kroky, jejichž cílem bylo co nejvíce snížit náklady nemocnice. Jednalo se např. o redukci a restrukturalizaci personálu, zrušení prodělečných provozů a reorganizaci stávajících zdravotnických pracovišť, zastavení obnovy majetku. Stále jsou řešeny pouze havarijní stavy, povinná údržba a dotační tituly,“ sdělil Martin Pavlík, ředitel FNUSA.  

Další ovlivňující částí hospodářského výsledku jsou výnosy, kde se podařilo nasmlouvání nových a rozšíření stávajících kapacit se zdravotními pojišťovnami, např. nasmlouvání následné intenzivní péče, spánkových laboratoří, restrukturalizací péče a v neposlední řadě úhradová vyhláška pro rok 2018.