Pokud podnikatel vstoupil do paušálního režimu a v rámci zdaňovacího období mu bude plynout jiný příjem než ze samostatné činnosti, který je vyšší než  15 000 Kč, musí podat za dané období daňové přiznání. Mezi tyto jiné příjmy patří příjmy z kapitálového majetku, příjmy z nájmu a ostatní příjmy (dle § 8 až 10 zákona o daních z příjmů). Dále musí podat daňové přiznání také v případě, kdy bude mít příjmy ze zaměstnání, které nejsou zdaněny srážkovou daní.

Pokud poplatník na konci zdaňovacího období zjistí, že nesplnil zákonné podmínky pro stanovení paušální daně, podá daňové přiznání, ve kterém uvede veškeré své zdanitelné příjmy, a to včetně příjmů ze samostatné činnosti (§ 7 zákona o daních z příjmů). Na stanovenou daň z příjmů, která bude vyčíslena v daňovém přiznání, se započtou již zaplacené paušální zálohy na daň z příjmů a případné další sražené zálohy (např. zálohy ze závislé činnosti sražené zaměstnavatelem), jsou-li součástí přiznání i příjmy ze závislé činnosti. Samotná skutečnost, že měl poplatník v rozhodném zdaňovacím období zmíněné příjmy vyšší než 15 000 Kč, nebo příjmy ze zaměstnání, a vznikla mu povinnost podat přiznání, však není důvodem pro ukončení paušálního režimu v následujícím roce.