Pokud podnikatel vstoupil do paušálního režimu a v rámci zdaňovacího období mu bude plynout jiný příjem než ze samostatné činnosti, který je vyšší než  15 000 Kč, musí podat za dané období daňové přiznání. Mezi tyto jiné příjmy patří příjmy z kapitálového majetku, příjmy z nájmu a ostatní příjmy (dle § 8 až 10 zákona o daních z příjmů). Dále musí podat daňové přiznání také v případě, kdy bude mít příjmy ze zaměstnání, které nejsou zdaněny srážkovou daní.

Pokud poplatník na konci zdaňovacího období zjistí, že nesplnil zákonné podmínky pro stanovení paušální daně, podá daňové přiznání, ve kterém uvede veškeré své zdanitelné příjmy, a to včetně příjmů ze samostatné činnosti (§ 7 zákona o daních z příjmů). Na stanovenou daň z příjmů, která bude vyčíslena v daňovém přiznání, se započtou již zaplacené paušální zálohy na daň z příjmů a případné další sražené zálohy (např. zálohy ze závislé činnosti sražené zaměstnavatelem), jsou-li součástí přiznání i příjmy ze závislé činnosti. Samotná skutečnost, že měl poplatník v rozhodném zdaňovacím období zmíněné příjmy vyšší než 15 000 Kč, nebo příjmy ze zaměstnání, a vznikla mu povinnost podat přiznání, však není důvodem pro ukončení paušálního režimu v následujícím roce.

Přiznání budou muset poplatníci v paušálním režimu podat i v případech, kdy jejich příjmy ze samostatné činnosti převýšily 1 000 000 Kč a stali se plátci DPH nebo společníky veřejně obchodní společnosti. V daňovém přiznání vyčíslí svou daň podle obecných pravidel (tj. jako by v paušálním režimu nebyli).

Obdobně se bude postupovat i v případě veřejných pojistných, kdy vzniká povinnost podat pojistné přehledy na okresní správu sociálního zabezpečení a zdravotní pojišťovně.

Záloha poplatníka v paušálním režimu činí pro letošní rok měsíčně částku 5 994 Kč. Pro poplatníky v paušálním režimu, kteří vstoupili do paušálního režimu již v roce 2021 a splňují podmínky paušálního režimu i pro rok 2022 platí, že od ledna 2022 bylo potřeba změnit výši záloh na trvalém příkazu k úhradě paušální daně na částku 5 994 Kč měsíčně. Pokud poplatník zahájí samostatnou činnost později, např. v dubnu 2022, a přihlásí se do paušálního režimu, bude mít první i druhou zálohu (tj. zálohu za duben a květen) splatnou do 20. května 2022.