Finanční správa se ne zcela ztotožňuje s kontrolními závěry NKÚ. Instituty pro boj s daňovými úniky, které byly postupně zavedeny do zákona o DPH, v praxi dobře fungují. I s přispěním těchto opatření - zveřejnění čísel bankovních účtů plátců, režim přenesení daňové povinnosti, ručení příjemce zdanitelného plnění, institut nespolehlivého plátce, zvláštní způsob zajištění daně a zajištění úhrady na nesplatnou a dosud nestanovenou daň - stouplo mezi lety 2010 a 2014 inkaso daně z přidané hodnoty o 53,2 mld. Kč. Řada z nich působí hlavně preventivně, rozbíjí podvodné řetězce a vytlačuje je z území ČR.

Nebýt těchto institutů, měli bychom dnes mnohem více problémů s karuselovými podvody a daňové úniky by byly výrazně vyšší. Navíc vývoj ani v této oblasti nelze zastavit - zavedení restriktivního opatření ze strany státu prakticky okamžitě vyvolá příliv nových typů podvodů, které současně snižují finální efekt původního účinného opatření.

Přínos zavedených institutů ke zlepšení výběru inkasa DPH proto nelze zcela přesně kvantitativně změřit a navíc v tak krátkém čase po jejich zavedení do správní praxe. Představme si například protipovodňová opatření, která mají zabránit škodám na majetku státu a jeho obyvatel. Také tam lze jen stěží přesně vyčíslit, k jak vysoké škodě díky těmto opatřením nedošlo. Navíc síla povodní není každý rok stejná. U daňových úniků je to obdobné.

„Doposud zavedená opatření, která byla předmětem kontroly NKÚ, jsou důležitým a účinným nástrojem v boji proti daňovým únikům na DPH. Jsem přesvědčen, že další připravovaná systémová opatření - Kontrolní hlášení a Elektronická evidence tržeb – budou natolik silná, že pomohou snížit výši daňových úniků“, uvedl generální ředitel Martin Janeček.

Finanční správa zdůrazňuje, že všechny informace, které zveřejňuje a předkládá Vládě a zákonodárnému sboru jsou spolehlivé, objektivní a podložené. Průběžně sleduje a vyhodnocuje účinnost jednotlivých ukazatelů prostřednictvím svých vnitřních informačních systémů a čerpá také ze zkušeností správců daně.