V korytě Botiče pod Hostivařskou přehradou byly silou vody vytrhány betonové bloky a poházeny do koryta. Oprava spočívala v odbourání poškozených a podemletých betonových konstrukcí levého břehu a provedení stabilizace koryta těžkou balvanitou rovnaninou s vyklínováním. Součástí oprav byla i úprava přelivu a celková sanace původních betonových konstrukcí, bylo vyměněno i původní zrezivělé zábradlí.

Jez Marcela se nachází v meandrech Botiče v Záběhlicích a vzdouvá vodu pro náhon na Práčský rybník. Při povodních voda jez obtékala a došlo k poškození břehů a vytvoření břehové nátrže v levé části jezu. Přímo pod jezem se pak vytvořila cca 2,5 metru hluboká tůň. Oprava spočívala v pročištění koryta pod jezem a provedení stabilizace dna. Břehová nátrž byla zasypána a břeh byl stabilizován těžkou kamennou rovnaninou s vyklínováním.

V okolí plynárny u Chodovské ulice bylo koryto Botiče zpevněno cca 100 let starou úpravou. Po povodních v červnu 2013 došlo na výtoku ze zaklenutí u Chodovské ulice k celkové devastaci původního opevnění včetně stupně v délce zhruba 100 metrů. Vzhledem k rozsahu poškození spočívala oprava v nahrazení původní kamenné dlažby uložené do betonu těžkou balvanitou rovnaninou. Nezbytnou součástí odstraňování povodňových škod na Botiči byla i rozsáhlá rekonstrukce poškozeného břehového doprovodu koryta potoka.