Ekologické organizace Greenpeace a Hnutí DUHA proto podají na rozhodnutí úřadu správní žalobu k soudu. 

Ministerstvo parametry výjimky pro Chvaletice schválené Krajským úřadem Olomouckého kraje ve svém rozhodnutí změnilo a nařídilo, aby provozovatel v letech 2022 a 2023 vyhodnotil, jestli se díky již nainstalovaným filtračním technologiím daří snižovat emise a pak případně navrhl i zkrácení výjimky a dřívější plnění limitů. Tento postup ale podle ekologických organizací může paradoxně vést k tomu, že se znečišťovatel nebude snažit emise snižovat a bude jich vypouštět více, než by mohl, aby se vyhnul riziku zpřísnění limitů a zvýšení provozních nákladů.