Prostředky programu NZÚ jsou na rozdíl od Operačního programu Životní prostředí, který je financován Evropskou unií, financovány z výnosů emisních povolenek. V rámci výzvy v NZÚ mohou kraje požádat o prostředky na dofinancování žádostí fyzických osob o výměnu zastaralého kotle na pevná paliva s ručním přikládáním, které splnily věcné a formální podmínky pro poskytnutí kotlíkové dotace, z důvodu nedostatku finančních prostředků ale byly v rámci 3. kola kotlíkových dotací zařazeny do zásobníku žádostí.

Alokace výzvy pro kraje v rámci NZÚ činí celkem 1 500 000 000 Kč, na Jihočeský kraj připadá 119 739 182 Kč. Žádost o finanční prostředky do NZÚ podá Jihočeský kraj poté, co podání příslušného projektu schválí 12. 12. 2019 zastupitelstvo kraje.

V současné době je v Jihočeském kraji již kompletně ukončeno a finančně vypořádáno 1. kolo kotlíkových dotací a jsou administrovány poslední žádosti v rámci 2. kola. Celkem bylo v Jihočeském kraji realizováno již 5 458 výměn zastaralých zdrojů tepla za 600 mil. Kč.