Kancelář prezidenta republiky přistupuje k ochraně utajovaných informací v souladu se zákonem. Za ochranu utajovaných informací odpovídá bezpečnostní ředitelka KPR, která disponuje přístupem k utajovaným informacím do stupně Přísně tajné. Stejně tak pracovníci s přístupem do tajné spisovny jsou prověřeni na příslušný stupeň utajení. Utajované spisy jsou distribuovány pouze oprávněným osobám s náležitou prověrkou.

Všichni pracovníci KPR, u jejichž funkcí je předepsáno seznamování se s utajovanými informacemi, splňují podmínky pro přístup k nim, v rozmezí Vyhrazené až Přísně tajné. Všichni také byli náležitě poučeni o svých povinnostech při ochraně utajovaných informací.

Pokud z Bezpečnostní informační služby nebo jiné instituce unikají utajované informace k vybraným novinářům, neděje se tak cestou Kanceláře prezidenta republiky. Zveřejnění informací o údajném utajovaném vyšetřovaní týkajícím se KPR, a to v době hospitalizace prezidenta republiky, není náhodné.